縦12筋、横4筋（一部6筋）の町は、職人町、商人町、仲介商人町などと筋々を決めて整然とした碁盤の目状に整えました。戦いに備えて町を迷路化するのが普通ですが、秀次は交通の流れを考え、町の発展を第一に考えた区画整備をしたようです。全長6kmの運河「八幡堀」を設けて、水陸の交通を利用するものはすべて八幡の町に入ることを定め、近江八幡には多くの人々が立ち寄り、色々な物資や情報が集まるようにしました。
また、街の周囲に神社を配置し、塀を高くして戦争時には砦になるよう作られました。